西暦1999年、突如宇宙より飛来、地球(南アタリア島)に墜落した物体が異星人の宇宙戦艦らしきものであったことをきっかけに、地球統合政府が樹立されている西暦2009年が物語の出発点。
宇宙戦艦は人類によって修復され、地球統合軍の宇宙戦艦SDF-1 マクロスとして進宙式を迎えようとしていた。進宙式の式典のさなか、月軌道上(?)に出現した異星人の宇宙船らしきものを、突如マクロスの主砲が自律的に稼動、撃破してしまう。この事件が、監察軍による「ブービートラップ」である事を艦長グローバルは直感的に察知し、宇宙戦争に巻き込まれた事を自覚する。意図せず異星人との交戦状態に突入してしまったマクロスは、発進を余儀なくされる。
進宙式を見学にきていた主人公や、周辺の市街地市民など多くの民間人を巻き込むかたちで、何故か単発的な攻撃しか仕掛けてこない異星人と交戦しながらマクロスは宇宙を旅することになる。
(wikipediaより)