コズミック・イラ70年に血のバレンタインの悲劇によって引き起こされた、ナチュラルを代表する地球連合軍 (O.M.N.I.Enforcer)とコーディネイターを代表するザフト軍(Z.A.F.T.)による戦争を舞台に、そこで苦しみや悲しみを経験しながら戦う主人公らの姿を描いていく。
この作品中で言われる「ナチュラル」とは、コーディネイターに対して遺伝子操作をしていない極普通の人間という意味であり、コーディネイターとは遺伝子操作により優れた頭脳・肉体を持たされて生まれてきた人間のことである。この頭脳・肉体の違いによって社会競争上不利を強いられかねないナチュラルはコーディネイターを脅威視せざるを得ず、次第に両者の軋轢は強まっていく。
やがてコーディネイターのみからなるスペースコロニー国家「プラント」は、ナチュラルの国家群からなる国際機関「地球連合」に対し独立を宣言する。そして戦争は始まり、その最初の戦いで地球側の一部急進派将校が独断で核ミサイルの引き金を引いてしまったのが、後に「血のバレンタイン」と呼ばれることになる悲劇である。
主人公キラ・ヤマトは、ザフトにも地球連合にも属さない中立コロニーで、極秘に地球軍が開発した新兵器をザフトが奪取しようとしている現場に居合わせたことから、数奇な運命に巻き込まれていくことになる。
(wikipediaより)