舞台はデジモンアドベンチャーの冒険から3年後の2002年。
デジタルワールドはデジモンカイザーと名乗る人間に支配されていた。
デジモンカイザーはデジタルワールドの各所にダークタワーを建て、その力でデジモンたちの進化能力を封じ込めた。
その為、かつてデジタルワールドを救ったアグモンたちもカイザーと戦う事が出来なかったが、本宮大輔を始めとする新たな『選ばれし子供たち』とそのパートナーデジモンはダークタワーの影響を受けないアーマー進化能力を身につけ、デジタルワールドを救うためにデジモンカイザーに立ち向かう。
デジモンカイザーの正体は天才少年と噂される一乗寺賢だった。
選ばれし子供達との激戦の末、賢は改心して、ワームモンのパートナーとして平和のために戦う事を誓う。
だがそのころ、デジタルワールドでは彼を操っていた真の闇が活動を始めていた・・・。
（wikipediaより）第1話 勇気を受け継ぐ者
1/3 2/3 3/3第2話 デジタルゲートオープン
1/3 2/3 3/3第3話 デジメンタルアップ
1/3 2/3 3/3第4話 闇の王デジモンカイザー
1/3 2/3 3/3第5話 ダークタワーを倒せ
1/3 2/3 3/3第6話 危険なピクニック
1/3 2/3 3/3第7話 ヒカリノキオク
1/3 2/3 3/3第8話 デジモンカイザーの孤独
1/3 2/3 3/3第9話 イービルリング魔力の暴走
1/3 2/3 3/3第10話 敵はメタルグレイモン!
1/3 2/3 3/3第11話 青い稲妻ライドラモン
1/3 2/3 3/3第12話 デジモン牧場の決闘
1/3 2/3 3/3第13話 ダゴモンの呼び声
1/3 2/3 3/3第14話 疾風（かぜ）のシュリモン
1/3 2/3 3/3第15話 シュリモン武芸帳
1/3 2/3 3/3第16話 サブマリモン 海底からの脱出
1/3 2/3 3/3第17話 お台場メモリアル
1/3 2/3 3/3第18話 カイザーの基地を追え！
1/3 2/3 3/3第19話 合成魔獣キメラモン
1/3 2/3 3/3第20話 超絶進化！黄金のマグマモン
1/3 2/3 3/3第21話 サヨナラ、賢ちゃん……
1/3 2/3 3/3第22話 豪勇進化！エクスブイモン
1/3 2/3 3/3第23話 デジヴァイスが闇に染まる時
1/3 2/3 3/3第24話 大地の装甲アンキロモン
1/3 2/3 3/3第25話 大空の騎士アクィラモン
1/3 2/3 3/3第26話 ジョグレス進化 今、心をひとつに
1/3 2/3 3/3第27話 無敵合体！パイルドラモン
1/3 2/3 3/3第28話 昆虫（バグ）使いの罠！！
1/3 2/3 3/3第29話 アルケニモン蜘蛛女のミス
1/3 2/3 3/3第30話 暗黒究極体 ブラックウォーグレイモン
1/3 2/3 3/3第31話 愛の嵐シルフィーモン
1/3 2/3 3/3第32話 謎の遺跡ホーリーストーン
1/3 2/3 3/3第33話 今日のミヤコは京の都
1/3 2/3 3/3第34話 ホーリーポイントを守れ
1/3 2/3 3/3第35話 爆進！ブラックウォーグレイモン
1/3 2/3 3/3第36話 鋼の天使シャッコウモン
1/3 2/3 3/3第37話 巨大究極体チンロンモン
1/3 2/3 3/3第38話 ホーリーナイト デジモン大集合！
1/3 2/3 3/3第39話 全員出動！インペリアルドラモン
1/4 2/4 3/4 4/4第40話 ニューヨーク香港大混戦！
1/3 2/3 3/3第41話 サンゴとベルサイユ大乱戦！
1/3 2/3 3/3第42話 恋とボルシチ大激戦！
1/3 2/3 3/3第43話 デーモン軍団の襲来第44話 暗黒デジモンとの死闘
1/3 2/3 3/3第45話 暗黒のゲート
1/3 2/3 3/3第46話 ブラックウォーグレイモン VS ウォーグレイモン
1/3 2/3 3/3第47話 ブラックウォーグレイモンの封印
1/3 2/3 3/3第48話 恐怖！ベリアルヴァンデモン
1/3 2/3 3/3第49話 最後のアーマー進化
1/3 2/3 3/3第50話 ぼくらのデジタルワールド
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