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遥かな昔、謎の異星人「降臨者」が地球に残した3つの「ユニット」と呼ばれる物体。高校生の深町晶は偶然その一つを手に入れ、殖装体「ガイバー」となってしまい、降臨者の遺したデータを悪用し世界征服を目論む秘密結社「クロノス」に追われることとなる。

「調製」と呼ばれる遺伝子操作により強大な力を持った怪人「獣化兵（ゾアノイド）」達との激闘。 三体のガイバーのうちの一体、クロノス幹部の殖装体「ガイバーII」の襲撃。 そして獣化兵を遥かに凌ぐ力を持つ「超獣化兵（ハイパーゾアノイド）」。 晶は苦戦しつつもガイバーの能力でこれらの強敵を撃退する。

クロノス幹部候補でありながらクロノス打倒を目指す「ガイバーIII」こと巻島顎人の手を借り、クロノス日本支部を壊滅させるが、世界規模の組織であるクロノスには到底太刀打ちできず、次第に追い詰められていく晶たち。

クロノス最強の調製体にして最高幹部である「獣神将（ゾアロード）」。その試作体（プロト・ゾアロード）である村上征樹との出会いを経て、晶たちはクロノス最大の機密の一つでもある、降臨者がかつて使用していた生体宇宙船を手に入れる。しかし獣神将リヒャルト・ギュオーの襲撃、さらにクロノスの盟主アルカンフェルの登場により晶たちはなすすべもなく敗北する。

そして199X年8月17日、世界規模のクーデターの成功により、クロノスの統治する世界が実現する。

それから1年。「巨人殖装（ガイバー・ギガンティック）」という強大な力を得て復活した晶。かつて敵として戦ったが、再調製によるパワーアップとともに獣神将からの精神呪縛から解き放たれ、クロノスを裏切り晶に味方する損種実験体（ロストナンバーズ）アプトム。再調製を受けクロノス12神将の一人として晶たちの前に立ちはだかる、かつての同志村上征樹。野心をむき出しにし晶から巨人殖装を奪い、対クロノスの反乱組織（レジスタンス）「ゼウスの雷」のボスとして晶の元を離脱したガイバーIII・巻島。アルカンフェルの粛清によりその力を奪われ、組織を追われた元獣神将・リヒャルト・ギュオーの暗躍。そして降臨者自身の手による調製を受け、数万年を生きるクロノスの盟主、獣神将アルカンフェルの真意とは何か。

それぞれの思惑を胸に戦いは続く。
（wikipediaより）